Boa tarde, com certeza tem diferença sim, apesar de terem algumas paralelas muito boas mas sim há diferença.
Principalmente se o cliente usava o original e você coloca a paralela ele vai perceber.
Como mencionou o grande amigo e moderador @Andre Bordonalli acima sempre a melhor coisa é ser bem claro, honesto e transparente com o cliente, assim nunca perderá a confiança dele.
Aqui eu uso os dois tipos de peça, com preços diferentes, explico a diferença para o cliente (prós e contras) e deixo ele escolher.
Lembrando que sempre anoto na OS que peça ele escolheu, original ou paralela, para não ter problemas depois.
Bom trabalho